Anayasa Mahkemesi, Sağlık Bilimleri Üniversitesi’nin mütevelli heyetinin Sağlık Bakanlığı Müsteşarı, Rektör, Sağlık Bakanının seçeceği iki üye ile Yükseköğretim Kurulu tarafından seçilen profesör unvanına sahip bir üye olmak üzere, toplam beş üyeden oluşacağına dair hükmü iptal etti. Mahkeme bağlantısı nedeniyle “Mütevelli Heyetine Sağlık Bakanlığı Müsteşarı, Müsteşarın katılmadığı toplantılara Rektör başkanlık eder" hükmünü de iptal etti; kararın gerekçesinde düzenleme ile bilimsel özerkliğin ihlal edildiği, merkezi yönetimin üniversitenin kararlarını belirlemesine yol açan düzenlemenin Anayasaya aykırı olduğu belirtildi.
Kararın gerekçesinde üniversitenin sahip olması gereken bilimsel özerkliğe ilişkin şu hususlara yer verildi:
“Bilimsel özerklik, bilimsel çalışmaların üniversite ortamında yürütülebilmesinin olmazsa olmaz koşulu olup üniversite mensuplarının, ekonomik ve siyasi yönden nüfuz sahibi bulunan kişi ve kurumların baskısı, yönlendirmesi olmadan ve toplumda hâkim olan düşünce ve kabuller doğrultusunda sonuçlara varmak gibi bir zorunluluk hissetmeden sadece bilimsel ölçütler ve etik kurallar çerçevesinde eğitim, öğretim, araştırma ve yayın yapabilme olanaklarına sahip bulunmalarını ifade etmektedir… Üniversitelerin bilimsel özerkliğe sahip kamu tüzelkişileri olarak tanımlanması ve bunların ancak Devlet tarafından kanunla kurulabileceklerinin hükme bağlanması ile güdülen amacın, siyasal çevrelerin, özellikle iktidarların ve değişik baskı gruplarının, üniversite çalışmaları ile eğitim ve öğretimi etki altında tutabilme yolunu kapatmak ve bu çalışmaların bilimsel gerekler ve gereksinmelerden başka, herhangi bir dış etkiden uzak kalacak bir ortamda sürdürülmesini sağlamak olduğunda kuşku bulunmamaktadır… Üniversite yönetim organlarının, merkezi idarenin müdahalesine olanak verecek şekilde yapılandırılması, diğer bir ifadeyle üniversitelerin, merkezi idare tarafından doğrudan atanan kişiler tarafından yönetilmesi, bu kurumların bilimsel özerkliğini de doğrudan etkileyecektir. Zira, üniversite mensuplarının, bilimsel ölçütler ve etik kurallar çerçevesinde eğitim, öğretim, araştırma ve yayın yapabilmesi için, herhangi bir dış etkiden uzak kalacak bir ortamın bulunması zorunludur.”
- Anayasa Mahkemesi, devlet üniversitelerinin yönetim organları arasında mütevelli heyeti bulunamayacağına dair itirazı ise Anayasa’nın ilgili kurallarına bağlı olarak, yükseköğretim kurumlarının yönetim organlarının yasayla belirlenebileceği, dolayısıyla, Sağlık Bilimleri Üniversitesi için diğer devlet üniversitelerinden farklı bir teşkilatlanma öngörülebileceğini kabul ederek reddetti.
-Türkiye Kamu Hastaneleri Kurumu’na bağlı eğitim ve araştırma hastanelerinin tamamının, Sağlık Bakanlığı’nın kontrolünde olan Sağlık Bilimleri Üniversitesi’nin uygulama ve araştırma merkezi haline getirilmesinin üniversitelerin özerkliğiyle bağdaşmadığı, Üniversitedeki tıp eğitiminin teorik kısmının İstanbul’daki merkez kampüste, araştırma ve uygulama kısmının ise eğitim araştırma hastanelerinin bulunduğu illerde verilmesinin eğitim bütünlüğünü bozduğu itirazını da yükseköğretim kurumları ile kamu kurum ve kuruluşları arasında yapılacak işbirliğinin Anayasa’nın 130. maddesinin dokuzuncu fıkrası kapsamında kanun koyucunun takdir yetkisinde olduğu gerekçesiyle reddetti.
- Sağlık Bilimleri Üniversitesi’ne ait norm kadroların belirlenmesinde yaşanacak hukuka aykırılıklara ilişkin itiraz, “Öğretim elemanı kadrolarının belirlenmesinde yetkinin Sağlık Bakanlığı’nın kontrolündeki Mütevelli Heyetine verilmesinin tıp eğitiminin Sağlık Bakanlığı’na devredilmesi anlamına geldiği ileri sürülmekte ise de, Mütevelli Heyetinde Sağlık Bakanlığı’nın belirleyici olmasını sağlayan kural iptal edildiğinden, böyle bir sakıncanın meydana gelmesi de söz konusu değildir” gerekçesiyle reddedildi.
- Marmara Üniversitesi’ne tahsisli olan Haydarpaşa Kampüsünün Sağlık Bilimleri Üniversitesi’ne tahsis edilmesinin, yasayla yapılmış, kamu yararına uygun ve yasa koyucunun takdirinde olduğu belirtildi.